Управління Кустинської гімназії в межах повноважень, визначених законами та установчими документами, здійснюють:
Засновник закладу освіти та власник Олександрійська сільська рада Рівненського району Рівненської області.
Заклад освіти безпосередньо підпорядковується відділу освіти, культури, молоді, спорту та охорони
здоров’я Олександрійської сільської ради Рівненського району Рівненської області.
Директор Кустинської гімназії – Діденко Людмила Олександрівна
Заступник директора з навчально-виховної роботи – Куліков Максим Юрійович
Колегіальний орган управління закладом –педагогічна рада.
Колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори, рада закладу.
Інші органи, передбачені спеціальними законами або установчими документами.